21 aout 1797. Après une guerre sanglante entre deux organisations de l'ombre, ESP et Savior, le monde est partagé en deux entre l'Est Asiatique et l'Ouest Américain. Au milieu de ce chaos nait un nouvel Etat: Europa. C'est dans cette terre libre que, deux cents ans plus tard, est créé Arthus, un humain artificiel nommé "familier".
Alors que son créateur lui donne pour mission de se fondre dans la masse, cet objectif sera mis à mal par sa rencontre avec de Yuki Fuyuku, une Esper de Tokyo, membre de l'une de ces deux organisations.
A ses côtés, Arthus va être pris dans un engrenage qui le mènera à enquêter sur des phénomènes étranges et à faire la chasse aux cryptides. Mais dans ce quotidien insolite se cache un secret férocement gardé par les dirigeants de l'ombre. Un secret directement lié à la véritable raison de la présence d'Arthus en ce monde. Un secret remontant à l'origine de l'existence des mystérieux pouvoirs qui ont façonné le monde actuel.

« L'amour n'est pas qu'une sécrétion d'hormones dans le cerveau, provoquant un dysfonctionnement des facultés cognitives. Certaines âmes sont liées depuis leur naissance, destinées à se rencontrer, comme deux atomes intriqués. »

1978.
À seulement 15 ans, Violette Leblanc, jeune prodige de la physique, intègre la prestigieuse l'université Rikoukei à Tokyo, dans l'espoir s'instruire auprès de chercheurs célèbres. C'est ainsi qu'elle rejoint le club de sciences, E.T.H.E.R où elle fait la rencontre de trois étudiants excentriques, et du second meilleur élément de l'académie : Soichiro Namatame. À ses côtés, Violette tente de percer les mystères d'une étrange énergie aux propriétés fascinantes, le Kvantiki, dans l'espoir de se faire une place dans la communauté scientifique.
Cependant, ses recherches attisent les convoitises, et menacent par la même occasion un secret que Violette s'efforce de protéger à tout prix. Pour son propre bien, mais également pour celui de la France.

« Je pense, donc je vis. Même si je possède un cœur d'acier, je suis humaine, tout comme vous. »
À l'aube du XXIIe siècle, des androïdes, les AIntelects, sont capables de remplacer les humains dans la plupart des tâches du quotidien. Leur mission est de servir d'outil du progrès à l'humanité.
Airi est une AIntelect de dernière génération, travaillant dans l'aérospatial dans le cadre d'un programme d'étude de ses capacités à aider la recherche scientifique. Pour fêter le succès de la mise en orbite d'un télescope, son créateur lui offre un étrange assistant-domestique, Astro. Ce dernier prétend être un humain ayant digitalisé son esprit pour observer l'évolution des IA. À ses côtés, Airi prend peu à peu conscience de sa propre existence, et de la condition de ses semblables.
Mais, l'humanité est-elle prête à reconnaître une nouvelle forme de vie ? Ou préférera-t-elle tout mettre en œuvre pour garder le contrôle sur sa création, quitte à déclencher une guerre qu'elle ne peut gagner ?