Angélique est en quête de son origine. Elle rencontrera les Légendaires et les accompagnera en espérant trouver les réponses à ses questions. Mais elle va vite se rendre compte qu'elle devra choisir parmi deux prétendants.

Crystal a appris, tout comme Peach et Mario, que Luigi a gagné un manoir. Cela intrigue le plombier qui est parti voir. Mais cela fait plusieurs semaines que le trio n'a aucunes nouvelles de celui-ci. Luigi et Crystal décident d’aller le retrouver.

Crystal et Luigi apprennent par le professeur Karl Tastroff que la Lune Noire s'est brisée, ce qui rend les fantômes très hostiles. Ils doivent retrouver et rassembler les fragments et savoir aussi comment l'artéfact s'est brisé.