Lorsque la Révolution éclate en 1789, le lieutenant Bonaparte a dix-neuf ans. Il est présent depuis le 15 juin 1788 au régiment de La Fère, alors à l'école royale d'artillerie à Auxonne dirigée par le maréchal de camp Jean-Pierre du Teil. Ce dernier lui confie la répression de la première émeute de la faim qui éclate dans la ville le 19 juillet 1789.

En 1791, le lieutenant Bonaparte répond à l'ouverture de l'armée russe aux émigrés français ordonnée par la tsarine Catherine II. Son offre est rejetée car la tsarine, qui se méfie des républicains, est également rebutée par le caractère prétentieux du lieutenant qui demande son intégration dans son armée avec le grade de major[23] (Майор/Mayor, c’est-à-dire « commandant » ou « chef de bataillon »).

Napoléon retourne à plusieurs reprises en Corse, où les luttes de clans avaient repris, les paolistes soutenant la monarchie à l’anglaise, et les Bonaparte la Révolution. Napoléon se fait élire, dans des circonstances floues (522 voix sur 492 inscrits), lieutenant-colonel en second du 2e bataillon de volontaires de la Corse à Ajaccio le 1er avril 1792[24]. Les troubles qui suivent cette élection amènent les autorités de l'île à éloigner Bonaparte en lui confiant une mission sur le continent au moment où la France déclare la guerre au roi de Bohême et de Hongrie. Présent ponctuellement à Paris, le jeune officier est spectateur de l’invasion des Tuileries par le peuple le 20 juin 1792 et aurait manifesté alors son mépris pour l'impuissance de Louis XVI. Ce dernier signe, quelques jours plus tard, son brevet de capitaine ; ce sera l'un de ses derniers actes publics.

De retour à Paris, Bonaparte est nommé capitaine le 13 juillet 1792, dans le contexte de la guerre, où l'on a besoin de soldats. De plus, il ne reste que 14 officiers sur 80 dans son régiment, le 4e d'artillerie. La guerre prend de l'ampleur à l'automne 1792 avec la constitution d'une coalition des monarchies européennes contre la toute nouvelle République française, coalition à laquelle participe le royaume de Sardaigne. C'est à son poste de commandant en second du bataillon Quenza-Bonaparte que ce dernier fait ses premières armes en février 1793, participant à la tête de l'artillerie à l'expédition de La Maddalena. Malgré l'efficacité et la détermination de Napoléon, l'opération commandée par Colonna Cesari, un proche de Paoli, est un échec cuisant. Cet événement et l’exécution du roi en janvier 1793 attisent la division avec les paolistes, provoquant une révolte des indépendantistes.

Les désaccords entre Paoli et Bonaparte s'accentuent à la suite d'une lettre de Lucien Bonaparte à la Convention pour dénoncer Paoli. Paoli l'apprend, et c'est la rupture entre lui et Bonaparte. La famille de Napoléon, dont la maison a été mise à sac et incendiée le 24 mai 1793[20] par les paolistes, est contrainte de se réfugier dans une autre résidence, leur petite ferme des Milelli. Quelque temps plus tard, le 11 juin 1793, ils décident de quitter l'île précipitamment à destination de la France continentale, Napoléon déclarant « Ce pays n'est pas pour nous », en parlant de la Corse. Cela va faire naître chez Napoléon une véritable rancune envers les Corses, qu'il évitera tout au long de sa vie. Il déclarera, quelques mois avant sa mort en 1821 au maréchal Bertrand : « La Corse n'est pour la France qu'un inconvénient, une verrue qu'elle a sur le visage ».

Débarqués en France le 13 juin 1793, les Bonaparte s'installent d'abord près de Toulon, puis dans la région de Marseille, en pleine guerre fédéraliste. La famille qui vient de quitter sa Corse natale a beaucoup de mal à vivre en France, sans argent, sans aucune situation stable. Napoléon Bonaparte, ce jeune capitaine en garnison à Nice, obtient un rappel de solde de 3 000 livres. Il est affecté auprès de l'armée chargée de mater l'insurrection fédéraliste du Midi. Il s'active à approvisionner l'artillerie de Nice en munitions et en poudres durant l'été 1793, ce matériel étant bloqué à Avignon par les girondins.

Le 29 juillet 1793, Bonaparte est à Beaucaire, et c'est à cette période qu'il rédige le fameux Souper de Beaucaire, pamphlet politique pro-jacobin et anti-fédéraliste, dans lequel un militaire discute avec des bourgeois, en leur disant qu'ils doivent se rallier à la Convention nationale. Ce pamphlet sera d'ailleurs utilisé comme instrument de propagande de la Convention. Le 28 août 1793, alors que Marseille vient d'être reprise par les jacobins et que la famille Bonaparte s'y installe, Toulon, tenue par les fédéralistes et les royalistes, se livre aux troupes britanniques et espagnoles. L'arsenal et la flotte française sont livrés aux Anglais.